细胞因子与慢性疾病关系
细胞因子是一类具有广泛生物学活性的多肽类因子。各种细胞因子在机体内构成了稳定的免疫调节网络（促炎细胞因子-抑炎因子的平衡体系），相互激活又相互拮抗，而一旦某种细胞因子发生异常，都会导致引发某些慢性疾病或加重病情。因此利用细胞因子的表达水平的变化可以监控某些疾病的发生，发展和预后情况，甚至作为药物靶点减缓疾病的进展。要想精确、有效地找到相关细胞因子，就要通过大批量的样本（几百例）筛查大量的细胞因子得到有效的数据，而利用新技术就可以高效地帮助我们探索细胞因子与疾病之间的关系。
脓毒症
脓毒症是宿主对感染的反应失控（包含炎症反应以及非免疫性反应）而导致致命性的多器官功能障碍，是各种严重创伤、烧伤、缺氧、再灌注损伤及外科大手术后常见的并发症，常见于ICU患者。在脓毒血症病人中，平衡受到破坏，促炎因子大量释放，导致全身炎症反应过激而导致多器官衰竭，或者表现为抗炎反应过度，抑炎因子大量释放，影响免疫细胞功能，引发多器官功能障碍。细胞因子通过调控免疫反应影响脓毒症的发生与发展。因此通过监控细胞因子的表达水平及其变化监控脓毒症的发生、发展及预后。其中IL-6以其在血中代谢较慢容易检测而被作为脓毒症的重要标志物。IL-10是主要的抗炎性细胞因子之一，对促炎-抗炎的平衡起着至关重要的作用。
自身免疫性疾病
机体的免疫系统的自身调节网络依赖于促炎细胞因子-抗炎细胞因子的平衡，而这种平衡一旦被打乱，就会引发自身免疫现象和自身免疫性疾病。因此寻找靶向细胞因子是如何参与调节这种平衡，对于研究自身免疫性疾病至关重要，甚至作为药物靶点治疗自身免疫性疾病。系统性红斑狼疮的发生发展与细胞因子的表达水平异常以及促炎-抑炎细胞因子之间的平衡紊乱有着密切关系,其中最关键的细胞因子是IL-6、IL-8、TNFα。类风湿关节炎是一种以关节滑膜炎症为特征的慢性全身自身免疫性疾病，滑膜细胞会产生大量促炎细胞因子，例如IL-1、PDGF、M-CSF、VEGF等，同时一些免疫细胞也会进入滑膜液，并产生更多的多种细胞因子，例如IL-1、TNFa等，继而引起滑膜损伤。
卵巢癌
正常卵巢组织富有细胞因子，生长因子等对维持卵巢的正常生理功能和排卵功能是很重要的。但是在大量的临床研究表明，在女性排卵期间，各类激素的水平的改变，细胞的复制加快，细胞因子和炎症因子，趋化因子的表达水平的大幅度改变容易形成氧化应激的卵巢环境，导致细胞容易发生DNA受损，进而失控繁殖生长，最后形成了肿瘤。由于细胞因子的“双面性”，不仅仅参与杀伤肿瘤的过程，还参与了肿瘤的增殖，血管生成等过程，促进肿瘤细胞侵袭、转移。通过研究正常和恶性卵巢组织中的细胞因子有助于我们深入了解细胞因子在卵巢癌生长和转移中的作用，通过调整局部或全身的细胞因子水平达到抑制肿瘤的目的。例如卵巢癌患者血清中IL-6、IL-8的表达水平异常升高，而IL-10、IL-12、IL-18、IFNγ、M-CSF等有很好的抑制肿瘤的作用，尤其可以利用IL-10和CA125联合诊断用于检测卵巢癌患者的复发情况。而也有研究表明，IL-6和IL-10也参与了肿瘤侵袭过程，促进肿瘤的转移抗凋亡、诱导血管增生、细胞浸润和产生耐药性。
