自从15世纪90年代欧洲首次探索美洲新大陆，他们就发现了种类庞杂的土著居民，这些土著居民有着独特的文化、语言、习俗、服饰、仪式和医疗体系。北美主要部落的数量必定超过了500，算上小型部落的话可能总数超过1000。虽然每个部落都遵循自身的信仰，使用各自抵御疾病、治疗病人的方法，但它们还是有很多共同点。
许多北美土著居民把健康看作是思维、身体和精神之间的平衡，治愈疾病的方式就是解决一个人生命中的失衡现象，包括通过供奉神灵、修复个人的思想和情感、接受实际的护理比如按摩或药材治疗等。这一过程中的关键人物，也就是所谓的部落医生、男（女）巫医或者萨满，他们被视为人类世界与不可见的神界之间的媒介。大多数医生都接受了全面的训练，其中包括给资深医生做学徒。他们获得了知识和经验，用其来评估健康问题的症状和病人自身的复杂情况。这些医生学习如何挑选、准备药材，如何举行仪式，如何使用象征物、符咒和供品，如何与自然亲密接触以及如何读取来自神灵的标志和符号中蕴含的信息。其中很大一部分是保密的，因为与其他人讨论这些问题可能会触怒神灵。
许多医者都带有包袱或袋子，其中装着被称为医学工具的珍贵物品和象征物。这些往往都是天然物品，如骨骼、羽毛、水晶和毛皮。医药包中通常都会装有医药烟斗。吸食草本植物等天然物质是治疗仪式的核心，而最神圣的植物就是烟草。吸烟后呼出的烟雾使人的呼吸清晰可见，而呼吸被认为是关乎一个人生死的。烟草也是一种人们向神明祈愿时奉上的供品。在治疗过程中，医生会将烟草的烟雾吹到病人身上以驱走魔鬼，然后烟雾就会升空，为上界神灵带去消息。在召唤神灵、询问其所需物品的过程中，击鼓和诵经也是非常重要的。医生很少因其救助而收取费用，但他们会接受供品—尤其看重烟草。每个病人都是独一无二的，所以医生的行动和治疗方式都必须经过精心定制。然而，病人并没有理所应当寻求救助的权利。医生会选择谁应该得到治疗、如何治疗以及何时治疗。
世界各地萨满使用的召唤神灵、使治疗起效的乐器也各不相同，例如这种美洲土著居民的鼓。
北美人过去大量将草药和其他植物用作药材，其中一些还被现代医生所采纳。咀嚼柳树皮或者叶子，或者用其煮水，都是治疗从头痛到关节僵硬等各种疼痛的方法。柳树皮中含有乙酰水杨酸（ASA）或水杨酸，是阿司匹林（当今世界上最为普遍、最为有效的药品之一）发挥止痛、消炎、解热等作用的活性成分。柳树在缓解蛀牙和脓肿疼痛方面尤其有效，也因此获得了“牙疼树”（toothache tree）的绰号。
对于美洲土著居民来说，最为普遍和备受推崇的药材就是鼠尾草。它被视为一种身体和灵魂的强效净化剂，人们认为它可以将祈祷带给神灵，也可以净化空气。它传统的医药用途不可胜数—用于胃、肠、肺、肝等内脏疾病的内服药，用于伤口、烧伤和皮疹的消毒药膏，还可以作为烟来吸或者作为茶来喝以起到舒缓作用。鼠尾草是蒸汽浴室—一种传统的棚屋形状、拱形屋顶的建筑—燃烧的主要药材之一。蒸汽浴室的设计风格和建筑材料各不相同，但它往往由易弯的树苗定型，再覆盖上动物皮毛。它创造了一个狭小、幽暗、平静的空间，水倒在高温岩石上产生蒸汽，混合着从闷烧的药材中冒出的烟雾。岩石通常是由浴室附近的火种加热，再用鹿角转移到室内，放在里面的一个凹坑中。医生会将烟雾吹到病人身上，这是治疗仪式的一部分。
美洲土著医生使用数百种药材和其他植物：将石炭酸灌木（creosote bush）的叶子煮成一种茶，用于缓解如支气管炎、肺炎和肺结核等呼吸道疾病；金雀花拳参（broom snakeweed）的浸泡物被用于帮助妇女分娩；柳叶马利筋（pleurisy root）一般用于多种呼吸问题，是效果极佳的祛痰剂；山茱萸内侧树皮煮沸后冷却得到的提取物，通常用于结肠灌洗；马薄荷（horsemint，又称为香柠檬、蜂香薄荷）的用途多种多样，将其用冷水或热水浸泡后的产物可用于缓解背部和头部的疼痛，制成药膏可用于防治感染，制成漱口水可用于缓解牙痛和牙龈肿痛；将黄刺蓟（yellow-spined thistle）的花煮沸、浓缩后得到的提取物用于治疗皮肤的烧伤、烫伤、褥疮和其他病变；雪松的芽和叶煮沸之后小口饮用可以缓解喉咙疼痛和咳嗽。
自14世纪以来，阿兹特克人统治了如今位于墨西哥中南部的地区。他们也掌握着一个庞大的药材库，而且认为许多疾病形式都是由神和精灵降下来的。疾病的其他来源包括瘟疫、地震、洪水、火山爆发等自然灾害。阿兹特克祭司也认为，疾病不时地“拜访”人类纯粹是神明的玩笑或娱乐，而不是对忘记“ 做礼拜”等罪行的惩罚。为了安抚神明、摆脱疾病，病人可能会被“ 谴责”，“谴责”的方式是鞭打或者使用荆棘或尖刺刺穿皮肤，这一过程可能伴有动物甚至人的献祭。
阿兹特克最常见的“药物”之一就是龙舌兰酒（又名octli），是由被称为龙舌兰（又名maguey 或American aloe）的植物经过发酵得到的啤酒。这种酒通常供统治者或祭司饮用，但也可以提供给任何病人，特别是可以加入其他药材、树皮和树根来帮助缓解隐痛和各类小病的症状。阿兹特克的另一个特色是使用黑色的火山玻璃岩—黑曜石（obsidian），由医生将其研成粉末，并擦到皮肤上用于治疗溃疡、皮疹、伤口。更加特殊的做法是将南瓜属植物、葫芦（阿兹特克语为ayonelhuatl）果肉、鹰粪混合在一起，用于促进孕妇的分娩。
在公元第一个千年中，阿兹特克帝国兴起之前的尤卡坦半岛和中美洲北部地区，玛雅人建成了一个有着复杂医疗体系的先进文明。他们认为身体、思维、神灵在疾病上负有同等责任。比较特别的是，他们认为疾病的部分原因是患者的不良行为或不当行为。治愈疾病需要将仪式、典礼、供奉的神像和起象征作用的供品结合在一起，献给愤怒的神明，以安抚他们的情绪、洗刷自己的罪行。
玛雅人用文字记录了他们的一部分历史和实践。他们的治疗手段非常丰富：使用草药催吐剂（又名vomit-inducers）和泻药（又名bowel-emptiers）清理身体内部，按摩，在蒸汗浴室（类似于北美的蒸汽浴室）中进行“桑拿会诊”。此外，类似于北美文化，玛雅人也有专科医生或巫医，被称为“ 阿人”（ah'man），“阿人”相当于现代的医生、草药师、心理医生和顾问。一名“ 阿人”会花时间陪着病人，询问有关他或她的生活、习惯和行为的详细信息，并会逐渐找到到关注点和问题，比如一段不愉快的关系、抑郁或自我怀疑，这些都可能导致疾病。
“阿人”会使用如里韦亚草（turbina）、仙人掌类的乌羽玉（peyote）等植物和蘑菇，现在我们知道，这些植物都具有致幻性，会使他们进入一种恍惚状态，而他们认为这使他们更接近神明。他们使用较多的植物之一是含羞草属的一种灌木—细花含羞草（Mimosa tenuiflora ；西班牙文为tepezcohuite ；葡萄牙文为vinho de jurema）。它的叶子和种子，特别是根皮经过浸泡、煮沸、烘烤、发酵后，可以用于治疗皮疹、咳嗽、背痛等大量疾病。他们常将植物提取物与动物（尤其是爬行动物）身体的一部分、鸟蛋和鸟粪混合。
南美亚马孙地区的雨林，被誉为世界药用植物的宝库。吐根（Carapicheaipecacuanha）的地面根和根茎，经过处理之后可以充当催吐剂，尤其用于吃了一些令人不适的食物或中毒后的清胃。为了猎食动物，亚马孙的猎人射出的飞镖和箭头上都涂有箭毒（curare，又名ampi），这是一种攀蔓植物—南美防己（Chondrodendron tomentosum）的提取物。其活性成分是D-筒箭毒碱，可以作为肌肉松弛剂，也可以作为手术过程中附加的麻醉剂。南美土著居民也广泛使用古柯树。他们把这些植物的叶子作为一种提神剂来咀嚼，以抵抗疲劳、口渴和饥饿。其活性物质可卡因（cocaine）是一种强大的兴奋剂，在被更安全和高效的化合物替代之前，可卡因在西方医学中主要被当作一种局部麻醉剂。然而，可卡因被当作兴奋剂非法使用，包括“可乐”（coke）和它的游离碱形式“ 霹雳可卡因”（crack-cocaine），极易上瘾，在全世界范围内造成了严重问题。
