实际上，基因突变本身并没有所谓好坏之分，关键是看它产生的后果。
好的方面来说，基因突变是物种进化的一种“推动力”。一些对环境适应性不利的突变，通过自然选择最终会被淘汰，而那些对物种有利的突变则会累积并传递下去，从而可以让人更好地适应的恶劣的环境，更好的适应社会，适应生活。
坏的方面来说，基因突变会导致细胞不正常运作，诱发人体出现各种疾病，甚至出现死亡。例如癌症、糖尿病、精神病、高血压、血液病等，还包括妊娠期的胎儿畸形、死胎、流产等情况。对个体来说，大多数基因突变都是有害的。
并非所有的突变都具有同等重要的意义，有的突变具有关键的意义，叫做“驱动突变”，有的突变的意义则相对小一些，名为“过客突变”。
恶性肿瘤的发生涉及到原癌基因和抑癌基因。比如EGFR和KRAS都是原癌基因，这些基因在人的生长发育、细胞分裂中发挥重要功能，如果发生突变则会导致活性增强，细胞分裂失控，从而形成癌症。而p53、APC基因等属于抑癌基因，抑癌基因的存在抑制了细胞的过度增殖，起到限制原癌基因活性的作用，这些基因如果发生了失活突变，就可能导致肿瘤发生。P53基因号称“分子警察”，几乎一半的肿瘤患者存在p53基因的失活突变。
随着分子生物学的发展，对于恶性肿瘤病人来说，许多驱动基因突变反而变成了好事，因为有相应的靶向药可以使用，通过靶向治疗可以显著延长生存期，提高生活质量。比如乳腺癌患者HER-2基因突变提示预后差，但是有赫赛汀、吡咯替尼等靶向药可用，无论是早期还是晚期乳腺癌，都能获得生存期的显著延长。肺癌EGFR、ALK、ROS1等基因突变，都有相应的靶向药可用，尤其是ALK基因，号称“钻石突变”，靶向治疗能将无病生存期延长两三年，这在过去是不可想象的。
未来，随着对重要驱动基因突变的深入研究，靶向治疗有可能涵盖大多数的驱动突变，到那时，癌症会真正成为像高血压、糖尿病一样的慢性疾病。
