15日早晨，穗深城际铁路正式开通运营，全程最快仅需53分钟，二等座票价为81元。
穗深城际铁路在新塘南站经既有广深城际铁路接入广州东站，设计时速140公里，从新塘南站到深圳机场站最快仅需53分钟，乘客从广州东站到深圳机场站最快仅需1小时11分钟，从新塘南站到东莞西站最快仅需11分钟，大大压缩了乘客往返穗、莞、深三地的时空距离。
穗深城际铁路正线全长73.996公里。全线设新塘南站、中堂站、望牛墩站、东莞西站、洪梅站、东莞港站、厚街站、虎门北站、虎门东站、长安西站、长安站、沙井西站、福海西站、深圳机场北站、深圳机场站共15个车站，其中厚街站、虎门北站、虎门东站、深圳机场北站、深圳机场站为地下站，其余均为高架站，从中堂到长安之间的10个站均为东莞地区车站，覆盖了东莞多个城镇。穗深城际铁路票价与广深城际铁路票价基本相当。
开通运营初期，穗深城际铁路每日最多开行37趟动车组列车，其中广州东站往返深圳机场站33趟，新塘南站往返深圳机场站4趟。日常开行33趟，其中广州东站往返深圳机场站29趟，新塘南站往返深圳机场站4趟。
两地开行的列车中，每天的大站快车只有3对，运行时间为71-77分钟，停靠新塘南、东莞西、虎门北、深圳机场等站。其中新塘南站可以与广州地铁换乘，东莞西站可以与已经运行的莞惠城际铁路换乘，虎门北站可以与广深港高铁的虎门站、东莞地铁换乘，深圳机场站可以与深圳地铁换乘。
除大站快车外，其余基本为“站站停”的城际列车，每个站运行时间约为5分钟，从广州东抵达深圳机场接近2个小时。
由广州东到深圳机场，二等座票价为81元，超过了目前广深线、广深港高铁的两地间的票价。其中深圳区域内，沙井西、福海西前往深圳机场的二等座票价为9元和7元。深圳区域内的4个车站，每站之间的二等座票价均为7元。
由于穗深城际采用CRH6型动车组，这款列车专为短途城际铁路设计，因此列车没有设置一等座。
列车时刻方面，每天深圳机场前往广州东首趟列车为7:45，末班车为20:36，由广州东开往深圳机场的首趟列车为7:16，末班车为20:05。
穗深城际铁路是连接广州中心区、东莞核心组团、深圳东部滨海地区的城际轨道骨干线路，串联了珠江东岸各大经济发达城市组团，为构建粤港澳大湾区1小时经济生活圈、打造世界级城市群发挥重要作用。
