10月14日，日本诺贝尔物理学奖获得者益川敏英对菅义伟的决定表示抗议，并喊话菅义伟“会在历史上很长一段时间内受到谴责。”
要理解这件事的严重性，首先必须说明“日本学术会议”并不是普通开会的“会议”，而是一个隶属于日本内阁府的机构。
200多名学者成员的专业涵盖各种学科，主要负责向政府政策提出建议、举办国际活动、建立学者间的联系网络、提高公众对科学的认识。为了保持学术独立性，政府对于会员的任命通常都是“流程性”的，真正的人事权，握在“会议”自己手中。有媒体指出菅义伟干预该协会人事，属于历史上首次。
据日本共同通讯社10月14日报道，京都大学名誉教授益川敏英当日于“反安保法案学者协会”新闻发布会上，对此前菅义伟首相拒绝批准6名学者进入日本学术会议一事提出抗议。益川发表声明称此举是“对于学术的亵渎行为”（学問への冒涜）。
益川敏英教授 （图源：每日新闻）
学习院大学特聘教授佐藤学宣读益川敏英声明称，“《学术会议法》要求（学术会议）保持政治独立性，制约首相的任命权，（因此菅义伟的决定）是明显的违法行为。”
益川在声明中称，首相的决定“破坏了民主主义和立宪主义”，要求菅义伟说明决定的理由，并立即任命6人。
益川还喊话菅义伟，“菅首相做出这么不讲道理的（乱暴な）事，会在历史上很长一段时间内受到谴责。”
益川敏英生于1940年，日本物理学家，名古屋大学理学博士，研究基本粒子理论。益川与合作研究者提出小林-益川模型，并因此与小林诚及南部阳一郎共同获得2008年的诺贝尔物理学奖。
“菅义伟下台”一度登上推特日区热搜
10月1日，“日本学术会议”提交给政府的一份105人的新会员名单，按照惯例该名单会在日本首相批准后生效，但菅义伟只批准了其中99人，剩下6人从“综合性、俯瞰性的观点”判断，未赋予会员资格。这6人分别是：东京大学教授宇野重规、加藤阳子，京都大学教授芦名定道，早稻田大学教授冈田正则，东京慈惠会医科大学教授小泽隆一，立命馆大学教授松宫孝明。
10月6日晚的抗议现场，标语上书：守卫学术自由、决不允许学术独裁（图源：朝日新闻）
有日本媒体指出，这是“日本学术会议”现会员选拔制度成立以来的第一次，并不吝言辞地将这个决定形容为“‘日本学术会议’在二战后的漫长历程上未曾有过的‘劫难’”。
日本企业（中国）研究院执行院长、观察者网专栏作者陈言指出，出于对侵略战争的反省，“日本学术会议”在成立之初，便将“学术自由”当成最为重视的内容，这包括其人事决定权在学术会议一方：学术会议本身虽然使用国家的经济预算，但国家不得干预会员人选，仅仅在形式上任命会员。
陈言指出，刚刚成立不到一个月的菅义伟内阁，因为“日本学术会议”会员任命一事严重失策，动摇了日本的学术自由。想用打压媒体的方式来压迫学者，更让菅内阁众叛亲离，步履艰难。
