燕京啤酒2020中国足协杯第二阶段抽签仪式于10月30日下午在苏州举行。本阶段有8支中甲球队进入，与首轮晋级的8支中超球队一起进行抽签落位。李铁和黎兵作为嘉宾，为16支球队分组抽签。
按照抽签规则，晋级2020足协杯第二阶段比赛的8支中超球队被分为4支种子球队和4支非种子球队。其中种子球队又分为两档，2019年足协杯冠军（或亚军）和中超联赛冠军为第一档种子队，2019年中超联赛第二、三名为第二档种子队。因足协杯卫冕冠军上海绿地申花队未能晋级第二轮，由亚军山东鲁能泰山队递补。
第一档种子球队：山东鲁能泰山、广州恒大淘宝
第二档种子球队：北京中赫国安、上海上港
中超非种子球队：江苏苏宁易购、广州富力、武汉卓尔、天津泰达
参加足协杯第二阶段比赛的8支中甲球队为2020赛季中甲联赛第二阶段成都赛区（冲超组）6支球队成都兴城人居、梅州客家、长春亚泰、泰州远大、浙江能源绿城、昆山FC，以及中甲联赛第二阶段将决出的梅州赛区第一名和常州赛区第一名两支球队。
通过抽签，燕京啤酒2020中国足协杯第二阶段对阵如下：
燕京啤酒2020中国足协杯第二阶段比赛计划于11月26日开赛，将依然采取赛会制与蓝绿分区的封闭管理。八分之一决赛将分为上下半区，上半区广州恒大淘宝vs昆山FC、江苏苏宁易购vs梅州客家、天津泰达vs中甲梅州赛区第一、上海上港vs长春亚泰这4场比赛将于11月26、27日在苏州赛区进行，下半区北京中赫国安vs成都兴城人居、武汉卓尔vs泰州远大、广州富力vs中甲常州赛区第一、山东鲁能泰山vs浙江能源绿城这4场比赛将于11月28、29日在常州赛区进行，16支球队中的胜者将进入四分之一决赛。
从四分之一决赛开始，所有场次均将移师苏州赛区。本赛季中国足协杯除半决赛为两回合比赛外，其他各轮比赛均为单场淘汰制，决赛计划将于12月19日举行。
