《兰亭集序》虽然获得了至高赞誉，但是根据冯承素神龙年间的摹本考察，它存在着明显的涂改。在325字的作品中，有一处补写、一处涂抹、六处改写。因为文字脱漏，王羲之在第四行补写了“崇山”二字；在第二十五行涂掉了“良可”二字；六处改写则分别是第一行的“丑”字、第十三行改“外”为“因”字、第十七行改“於今”为“向之”二字、第二十一行改“哀”为“痛”字、第二十五行改“也”为“夫”字、第二十八行改“作”为“文”字。自古以来，临摹《兰亭集序》的人不计其数，但却很少有人对作品中的涂改置喙评论。
作为一篇文学作品，王羲之的修改，使得《兰亭集序》更加圆润自然，体现了“人功不竭，天巧不传，知一重非，进一重境”的努力。作为一幅书法作品，《兰亭集序》的涂改保留了当时创作的现场感，有利于历史还原和再现。但问题是，涂改何以蕴含精、气、神，成为了作品的有机组成部分呢？
一般说来，书法作品兼具时间艺术和空间艺术的特点，因此不可不顾及视觉效果。卫夫人《笔阵图》中说：“若平直相似，状如算子，便不是书。”《兰亭集序》第三行和第四行之间的空隙，上宽而下窄，王羲之在第四行接近顶格位置补写“崇山”二字，既接续了文脉，又填补了空白，还打破了作品中机械的平衡，使得布局富于变化。这一举三得之法，足见王羲之对于作品结构有着巧妙而大胆的安排。
《兰亭集序》中所涂之处，在第二十五行的“良可”二字。由于用墨很浓，涂抹后的“良可”二字几乎不可辨认。综观整幅作品，这处涂抹势若崩云，给人一种“元气淋漓障犹湿”之感。王羲之借用“涂”的形式，使得作品黑白对比的处理臻于妙境。
改是一种弃旧图新的行为，《兰亭集序》中的六处修改，使得文意畅通，曲尽其妙。所有的改动均采用笔画粗壮的大字遮盖原字的方式处理，从视觉感受上看，后五处改痕很明显，而第一处则相对隐蔽。因为“丑”字原由暮字的“艹”头改写而来，可能是王羲之在创作时漏写了“丑”字，当写了暮字“艹”头之后方才发觉，于是便因势利导把“艹”头改成了丑字。这处改动近乎完美，所以不易为人所察觉。需要指出的是，六处改写对《兰亭集序》的章法和书体并无破坏，反而凸显了作品用笔轻重善于变化，墨色映衬富有美感。凡改写过的地方，墨色较浓；而未改写之处，墨色较淡，这样浓淡相映成趣，整幅作品显得“淡妆浓抹总相宜”。
尽管有人认为涂改是作品中不和谐的噪音符号，其实“彼榛楛之勿剪，亦蒙荣于集翠”，书法作品注重视觉感受，只要作品书法好，涂改无损于视觉效果，就能够为受众所接受。不少《兰亭集序》的临摹者，对这幅天下行书第一的作品连涂改都不放过，甚至以不能依样画葫芦为恨。
文学创作中常常会遇到“意不称物，文不逮意”的问题，因此修改实有必要。要求作者在创作中挥毫落墨不出一点差错，这种愿望虽然良好，但却很不现实。假如作家创作时抱有不能出一点差错的心态，就难免会战战兢兢、如履薄冰、精神紧张，这无疑是极不相宜的。而肯定涂改可以作为一种补救措施的宽容，则是对作者的解放，使其可以轻松自由地进行创作，从而有助于杰作的诞生。
西施蹙额，不失其美；维纳斯断臂，风致犹在。王羲之的《兰亭集序》虽然有所涂改，但正如董其昌所说，“随手所如，皆入法则，所以为神品也”。
